dubak, приложения в Ubuntu проходят при добавлении в магазин автоматические тесты. Но не это главное. Ubuntu самая безопасная на данный момент мобильная ОС и одна из самых безопасных ОС для ПК. Безопасность обычно у Canonical ставят на первое место (безусловно бывают иногда проколы, но их устраняют достаточно быстро).
Приложения в UT работают в изолированных контейнерах, они не имеют доступа к системным файлам, не могут без Вашего прямого разрешения получить доступ к Вашим личным файлам, контактам, СМС, фото, местоположения и т.д. Также они не могут влиять и обмениваться информацией с другими приложениями в фоновом режиме. Все подобные действия происходят через специальные "прослойки" и только по инициации пользователем. Сейчас в UT приложения распространяются в виде .click пакетов, которым на смену идет .snap. Также вскоре будет и на ПК с приходом Unity 8, где все приложения, .snap пакеты и даже старого типа .deb пакеты для X.org устанавливаются в изолированные контейнеры. Над полноценной реализацией работы всех прослоек для комфортной работы и функциональности ОС не менее чем в Unity 7 активно работают. По этой причине разработчики еще обрезаны в функционале приложений, для которого не реализованы эти самые безопасные прослойки. Это в первую очередь тормозит пополнение приложениями магазина и приход крупных игроков рынка. Когда они доведут .snap постепенно более-менее до ума (я бы сделал прогноз: до конца года), Ubuntu должна получить толчок в развитии.
Безусловно это все теория) только практика может показывать объективные результаты. Пока зловредов нет и даже намека на них. Один раз давно, больше года назад точно, была где-то дыра в безопасности и один зловред прорвался в магазин. Уже не помню что он делал. Тогда оперативно отключили магазин приложений и быстро выпустили исправление.