fastcgi_param SCRIPT_FILENAME - директива указывающая где искать скрипты,
/scripts$fastcgi_script_name - это и есть та самая корневая директория, где должны лежать скрипты,
если исходить из твоего конфига, то строка
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /scripts$fastcgi_script_name; указывает интерпритатору, что искать скрипт нужно по пути /scripts/<название_твоего_скрипта_переданное_из_URL>