О каком файле идёт речь? Если имеется ввиду оф. драйвер с ATI.com, то запуск *.run просто сгенерирует необходимые *.deb пакеты, а последующий:
sudo dpkg -i полученный_пакет.deb
сам растолкает библиотеки по нужным местам.
Если запускать инсталятор не в консоли, а в терминале - процесс ещё проще: *.run извлечёт необходимые пакеты и автоматом их установит.