Похоже все советующие ни разу в глаза не видели PDF-xChange Viewer? и не представляют зачем в PDF имеется отдельный слой для комментариев и рецензирования.
Вкратце объясню для несведущих в теме. PDF придерживается идеологии "Один раз создал, много и везде смотри". Т.е. формат не подразумевает редактирование содержимого в процессе просмотра (в отличии от вордов-врайтеров). По этому советы поставить монстроузные редакторы PDF для просмотра рушат под собой концепцию PDF.
Топикстартеру не требуется редактировать PDF. Ему требуется воспользоваться стандартной функцией, предусмотренной для данного формата. А именно делать заметки, ставить штампы, выделять, подчёркивать, зачёркивать текст, имеющийся в конкретном документе. Оставлять в PDF какие-то закладки. Всё это поддерживается форматом PDF в отдельном слое. Т.е. при рецензировании и добавлении заметок основной документ НЕ РЕДАКТИРУЕТСЯ. Он вообще никак не трогается. К файлу, на отдельный слой цепляются различные контейнеры с текстом и примитивы в виде линий и кривых.
Теперь вернёмся к PDF-Xchange Viewer. Под Wine всё же лучше установить эту программу на не запускать портэйбл версию. Wine успешно ассоциирует PDF с XChange, и из контекстного меню можно открыть файл в этой программе. Единственный недостаток - очень долго загружается по сравнению с родными для Убунты просмотрщиками.
В качестве "альтернативы" для заметок и рецензирования можно лучше всего подойдёт Okular. У него есть панель для размещения штампов, рисования произвольных линий, окружностей. Подчёркивания и выделения текста. И он нормально, в отличии от Evince отображает "маркированные" участки текста. Установленный по умолчанию Evince линию маркера ставит поверх текста, хотя нужно под текстом. В итоге вместо текста идут желтые полосы.
Слово "альтернатива" умышлено написал в кавычках, потому что на фоне PDF-xChange все остальные вьюверы (в том числе и родной от Adobe, и Foxit) что под Windows что под Linux смотрятся калеками. Попробуйте и поймёте.