Если честно, то я так и не понял в чём проблема.
Ладно, тогда так.
Вот, здесь находится файл с настройками Вашей панели:
~/.config/lxpanel/Lubuntu/panels/panel
Вот, здесь находится стандартный файл (тот, который действует для всех пользователей и в случае, если у пользователя нет своего файла):
/usr/share/lxpanel/profile/Lubuntu/panels/panel
Можно сравнить файлы и постараться понять, в чём дело. Можно заменить Ваш файл стандартным (сохранив, на всякий случай, свой файл в укромном месте). Хотя, он и так появится, если существующую панель удалить, а новую создать.