Много всего перепробовал, расскажу итоги, думаю кому-то может пригодится.
MyISAM - ускорил итерацию на 25%
Memory - ещё на 5% к результату MyISAM
Стало понятно, что тормоз в данной операции executemany(). Если завернуть все в один запрос, т.е. в один INSERT, то mysql его спокойно переваривает. Однако при попытке сформировать большую строку простым перебором значений через for я получил время итерации немногим лучше executemany() - выходит эта функция работает аналогично. Стал думать как быстро засунуть значения из 2-уровневого списка в строку - решение использовать ''.join() - отрабатывает достаточно быстро. Итоговое время итерации, включающее чтение 3300 строк из ODBC, формирование строки запроса и запись в MySQL - 47мс на Pentium 4. Этот результат меня устраивает.