Симлинки только для вашего удобства. За ресурс SSD можете не волноваться, если у вас SSD, конечно, не какой-то левый копеечный.
У меня SSD нет, но как я писал выше, все важные данные я храню на внесистемном разделе. В "Домашний каталог пользователя" (/home) отправляю только не очень важные вещи, временные, например скриншоты и файлы пользователей нашего форма, иногда загрузки с интернета. Потом либо стираю, либо отправляю в соответствующие каталоги в основное хранилище. Есть так же некоторые программы, которые видят файлы только из /home, даже если это не системные файлы, а пользовательские, но это редкость. В общем же случае я отправляю все файлы через настройки программ на внесистемный раздел. Ну и, само собой, все настройки системы и большинство настроек программ, а так же WINE и программы в нём, хранятся в "Домашнем каталоге".
Минусом является то, что для доступа к данным внесистемный каталог должен быть подключён к системе при запуске (не путать с монтированием при установке). Например, просмоторщик фотографий DigiKam по-умолчанию видит только папку "Изображения" на /home. Хорошо, указываем ему в настройках, что он должен читать файлы из определённого каталога с внесистемного раздела. Но если вы после запуска ОС и открытия DigiKam не заходили в этот раздел через файловый менеджер, то DigiKam его не увидит и фотографии от туда не проиндексирует. И это будет каждый раз при запуске программ. Для меня этой проблемы не существует, так как я пользуюсь Kubuntu, а в KDE множество настроек, в том числе позволяющих в графическом режиме при загрузке ОС внесистемный раздел сразу автоматом подключить, как будто бы вы в него предварительно заходили через файловый менеджер. Более того, в настройках файлового менеджера (Dolphin) можно указать в качестве домашнего именно внесистемный раздел (или один из конкретных каталогов на нём). То есть, при запуске файлового менеджера с панели задач я сразу перемещаюсь во внесистемный раздел минуя /home - очень удобно.
Вам же для подобного придётся либо создавать симлинки, либо менять параметры монтирования через Терминал (скорее всего сначала второе, потом первое - я не уверен, что симлинки означают автоматическое подключение раздела, думаю, более опытные в этом вопросе подскажут).
По поводу того, что где хранить. В вашем случае, на SSD можно хранить рабочие файлы. Например, если у вас какой-то рабочий проект, тем более с объёмным файлом, который вы ещё не закончили обрабатывать и возвращаетесь к нему раз от разу, то логично, что его можно поместить в "Домашний каталог" на SSD - будет быстро открываться. Как закончили работу - отправили в хранилище на HDD.