Ubuntu2016,
-1. Делаем все нужные бекапы, сохраняем все важные данные.
0. Во-первых смотрим что управляет загрузкой на машине: традиционный BIOS (и, соответственно, используется таблица разделов MBR) или EFI (таблица разделов - GPT). Если используется Fast boot/Secure boot - рекомендуют отключить (в BIOS).
1. Перед установкой надо разбить диск на разделы. Я это советую делать в GParted, загрузившись в Ubuntu с флешки. Разбивка хорошо описана в статьях и у каждого на свой вкус и цвет. Естественно, нужен отдельный раздел под Винду (советуют отводить первый раздел на диске); а также отдельный раздел под загрузчик (/boot), оптимально - 300М, фс ext2, не забываем соответствующие флаги. Если предполагается использование виртуальных разделов lvm, то создаём под это дело один раздел, который форматируем, например, как cleared (разбивать будем далее при настройке lvm).
2. Из под той же live-сессии Ubuntu, из под которой размечали диск, создаём шифрованный раздел командой cryptsetup luksFormat... (точный синтаксис описан в приведённых мануалах). Внимание, здесь важно не ошибиться с выбором диска/раздела, иначе можно потерять все данные! Команды lsblk и parted -l в помощь. После форматирования надо ввести фразу, которой будет зашифрован раздел. Когда всё сделано подключаем шифрованый раздел командой cryptsetup luksOpen...
3. На созданном шифрованом разделе настраиваем lvm командами pvcreate, vgcreate, lvcreate, нужно создать как минимум root и home, а также swap (некоторые обходятся без него), и temp (фс tempfs, на любителя)
4. Устанавливаем Windows, устанавливаем Truecrypt но пока не шифруем (описание из твоей же приведёной выше статьи, сам я винду не переустанавливал)
5. Загружаемся в live-сессию убунты, подклюаем наш шифрованый раздел со сделанной разметкой. Устанавливаем Ubuntu, в процессе установке выбираем настройку разметки диска вручную и указываем точки монтирования для всех созданных ранее разделов.
6. После установки настраиваем загрузку драйверов dm-crypt и cryptsetup в initrd свежеустановленной Ubuntu. Для этого нам снова поможет live-сессия Ubuntu, а что именно делать описано в статьях.
7. Настраиваемт Truecrypt на Windows, настраиваем совместную работу загрузчиков Truecrypt и Grub
Сам я сейчас на шаге 6. Проблема в том, что при обновлении ядра скрипты initrd возвращаются в исходное состояние и надо каждый раз загружаться с флешки и прописывать прогрузку шифрованого тома - это нудно и утомительно. Если у кого есть совет как это лучше настроить - буду рад!
Ещё у меня проблемма установщик Ubuntu не видит установленную Windows - весь диск у него сплошное неразмеченное пространство.
Вот это странно, не сталкивался с таким. GParted обычно видит всё