1С Предприятие - это платформа, которая может быть локальной/сетевой, на линукс/Windows.
1С Бухгалтерии - это конфигурация, т.е. база данных, которая крутится на той платформе, которая вам нужна.
можно ли установить "1С Бухгалтерию 8" с флэшки, а нес диска?
Установить можно с чего угодно: раздел винта/флешка/CD-диск или с шары по сети - проверено под виндой, но думаю, что и в линуксе будет аналогично.
UPD.
Зашел на сайт 1С под учеткой, а там доступны для скачивания платформы 1С Предприятие для винды 32/64 и для линукса 32/64 в пакетах deb и rpm, а вот конфигурации только в виде виндовых exe-шников, но проверено только на доступных мне "1С:Бухгалтерия государственного учреждения" и "1С:Бюджетная отчетность".