в скрипт пихать не обязательно, единичную команду можно указать прямо в cron
crontab -e там вставить (создается для того пользователя, от чьего имени запускаете, если для рута то sudo crontab -e):
0 3 * * * 'rsync -a /Directory1/ /Directory2/'
чтоб как вы говорите, работало как зеркало добавляется параметр --delete
-a, --archive 'это архивный режим, эквивалент для -rlptgoD, еслим не нужно сохранять права владельца время и т.п. то можно как вы писали использовать -ur