Если у вас не было отдельного /boot, то и не нужно. Я так понимаю, разметка у диска, обычная, MS-DOS, а не GPT? Тогда просто создавайте расширенный раздел, а в нём нужные логические.
Я бы рекомендовал / (корень системы) в 15-20Gb, в столько же /home (Домашний каталог только под настройки, так как все файлый, насколько я понял хранятся на отдельном D), всё в файловой системе ext4. Swap всё же создать, на всякий случай. предположим в 4Gb.
Сначала дефрагментируйте все NTFS-разделы, потом загрузитесь с LiveCD Ubuntu, и в программе Gparted создайте разделы. Можете сначала кинуть сюда скрин Gparted, для наглядности.