Дожили
sudo su
aptitude install sun-java6-bin sun-java6-jre sun-java6-jdk
update-java-alternatives -s java-6-sun
Далее идём на сайт eclipse:
http://www.eclipse.org/downloads/, скачиваем нужный пакет для своей архитектуры. Это архив с обной папочкой внутри - eclipse. Распаковываем это чудо куда-нибудь, например в /home/programs. Получим /home/programs/eclipse. Дальше нам хотелось бы, чтоб eclipse был в меню. нет ничего проще: создаём файлик с именем my_eclipse.desktop и содержанием:
[Desktop Entry]
Categories=GTK;Java;Development;IDE;
Name=Eclipse C++ Ganymede
Name[ru_RU]=Eclipse C++ Ganymede
GenericName=Integrated Development Environment
GenericName[ru_RU]=Интегрированная среда разработки
Comment=A very slow IDE using Java
Comment[ru_RU]=Медленная и лагучая среда разработки написанная на убогом Java
Icon=eclipse
Icon[ru_RU]=eclipse
MimeType=text/plain;text/x-chdr;text/x-csrc;text/x-c++hdr;text/x-c++src;text/x-java;text/x-dsrc;text/x-pascal;text/x-perl;text/x-python;application/x-php;application/x-httpd-php*;application/xml;text/html;text/css;text/x-sql;text/x-diff;
Hidden=false
Type=Application
Version=1.0
Exec=/home/programs/eclipse/eclipse
Terminal=false
StartupNotify=true
и кидаем его в ~/.local/share/applications (чтоб было в главном меню) и в ~/Рабочий стол (чтоб было на рабочем столе). Усё работает. А eclipse из репов можешь смело удалить за ненадобностью.