Как мне найти тот, старый var, место-то он так и отжирает.
Новый монтируется поверх старого, и естественно старые данные там присутствуют и занимают место (но недоступны системе), если зайдете на диск с лайфсиди вы естественно будете видеть старый /var и, если вы уже убедились что новый /var работает правильно, можете удалять данные, естественно не трогая саму директорию. На работающей системе этого делать не пытайтесь.
P.S. по моему мнению, лучше только зачистить старый var от лишних данных (думаю больше всего места там будет занимать /var/caсhe/apt/ ? (очистить просто: sudo apt-get clean (естественно в подключенном "старом" var
))) по минимуму он будет "весить" наверно мегабайт 300-400, но зато в случае проблем со вторым диском свободно сможете загрузится без него.
По второму вопросу - все правильно понимаете, но при копировании вы перенесете системные данные, загрузочная область диска не скопируется, то есть без дополнительных движений диск не будет загрузочным, во вторых - созданные на новом диске разделы будут иметь свои UUID и потому надо будет соотвественно править fstab, и это навскидку.
Поэтому, если ваш новый диск не меньше старого - то однозначно dd, и если на новом диске больше места, то старые разделы можно будет расширить потом, например с помощью того-же gparted.