Stealch, я, например, не знаю, что будет в Knoppix. Скорее всего Gparted из Knoppix сможет работать с вашими разделами. Но я не понимаю, почему вы не хотите поставить Gparted в Xubuntu. Интернет в live-режиме не подключается? Естественно, мне пришло в голову, что вы в первый раз видите систему и не догадались поискать нужную программу.
А то, что Gparted не видит разделы я пока знаю только с ваших слов, но не вижу самого Gparted. И да, разделов иногда не видит и Gparted, и установщик. Тогда помогает установка другой версии Ubuntu: например, можно попробовать 14.04 или 16.10, вместо 16.04.
GRUB винду подхватит, но, по-моему, вы путаете разметку диска, установку системы и установку загрузчика.
1) Разметить диск можно с помощью Gparted почти из под любого дистрибутива или средствами самой Windows (Акроникс и Парагон использовать нежелательно).
2) Установку можно производить как с предварительной разметкой диска, так и без оной. Желательно с предварительной (см. п.1). Если установщик не видит предварительно созданные разделы, то ставим другую версию Ubuntu (при условии, что разделы были созданы правильно, иначе снова п.1). Естественно, что во время установки режим разметки диска выбираем как "Другой вариант" ("Установка вручную" или как-то ещё похоже), то есть не автоматический режим.
3) GRUB не ставиться через Gparted при предварительной разметке,но ставиться при установке системы или отдельно, с live-режима, без установки системы (см. в местной wiki один из вариантов восстановления GRUB).
И GRUB не убивает винду, её можно убить только во время установки. Если вы не ламер, то должны помнить, что "диск" в Ubuntu - это весь винчестер, а не раздел, который Windows называет почему-то "диском".