Не совсем понятно, что именно имеется в виду.
Update manager занимается обновлением установленных пакетов.
Не хотите обновлять конкретный пакет сечас - снимите с него галку, останется на потом.
Не хотите обновлять конкретный пакет вообще - зафиксируйте его версию в синаптике.
Тащит много обновлений к ненужным программам - снесите эти программы, нет пакета - нет обновлений.