Мой ответ основывается исключительно на логике и теории, сам этим не пользовался.
В Ubuntu сервис Ubuntu One по умолчанию работает, так, вы размещаете в специальной папке, что то, и это что то копируется в облако Ubuntu One. Deja-dup по всей видимости делает резервные копии так, просто создаёт специальную папку в ~/Ubuntu One а сам клиент Ubuntu One уже занимается тем, что производит копирование этих данных в облако, соответственно, ваш бекап лежит и в вашей локальной папке ~/Ubuntu One и на сервере. Соответственно возникает вопрос, если у вас с сервера налочалось копирование данных, значит у вас куда то пропали данные из локальной папки, или же, вы авторизовали клиент Ubuntu One на другом компьютере. Если система работает именно так, и вас это не устраивает, то стоит наверное попробовать другое облако, ведь так будет проще, например, что нибудь на WEBDAV. Мой ответ расплывчат на столько на сколько расплывчат ваш вопрос.