В Ubuntu же проблема с буфером обмена, его нет как такового, в этом у ТС проблема скорее всего.
Попробуйте сами, выделить текст, скопировать, закрыть, а не свернуть окно, открыть/создать новый файл и вставить туда текст.
ТС поставь программу glipper.