Если на этот раздел будут качаться торренты, то возможны тормоза линукса. А так проблем минимум, но желательно корректно завершать работу Windows во избежание проблем с монтированием разделов.
P.S. Да, и не стоит забывать - NTFS не является родной ФС для линукса, так что за возможные сбои никто гарантии не даст. И скорость работы нтфс ниже, чем у родных ФС. Так что решать пользователю.. Я советую для общения с другими Windows машинами купить внешний жесткий диск, они сейчас дешевые.