Заметил, что если запустить cs, то звук хрипит во всей системе
Можно попробовать пару вещей в файле /etc/pulse/daemon.conf:
1). Найти default-sample-rate, расскомментировать (убрать ";" ) эту строчку и выставить 48000. С некоторыми карточками бывает криво переключается частота дискретизации, когда приложение начинает выводить звук с частотой выше. Если в этом проблема, то это должно её решить. Обычно она встречается с экзотическими девайсами, но возможно это как раз тот случай.
2). Параметр default-fragment-size-msec. Меньше буффер - меньше задержка, но выше вероятность того, что pulse не успеет обработать звук. Можно попробовать выставить вместо 10 (по умолчанию) 5 или 20. Иногда меньший буффер помогает избавиться от артефактов в вайне, но я не понимаю почему.
Проверять эти способы естественно лучше по очереди, и после правок в daemon.conf надо перезапустить систему/pulseaudio.
Хорошая страничка по возможным проблемам со звуком:
https://wiki.archlinux.org/index.php/PulseAudio#Troubleshooting