У меня та же проблема ( система Xubuntu 9.04 64 bit).
После перезагрузки звук стабильно устанавливается на 0.
Заметил, что пока стоит чистый XUbuntu, всё в порядке со звуком, а вот как только поставишь пакет "xubuntu-restricted-extras", а вместе с ним устанавливается и pulseaudio, вот после этого звук всегда после перезагрузки устанавливается в 0.
Причём, если открывать xfce4-mixer то на 0 стоит именно ползунок под названием "уровень" при выборе в поле "звуковая карта" OSS Mixer, а при выборе ALSA - "общий"
Настройка всех остальных ползунков вроде бы запоминается.
С правами не игрался....
Побывал в aumix (не знаю зачем, но он устанавливается по умолчанию) сохранять настройки, и всё равно, после перезагрузки звук на нуле...
вот....