Долго я искал программу, которая бы помогла мне отдефрагментировать папку /home, которая на файловой системе ext4, и вот наконец то я нашел крутой дефрагментатор DefragFS:
1) Переходим сюда -
http://sourceforge.net/projects/defragfs/files/2) качаем и распаковываем
3) Переходим в папку с распакованным файлом и собираем ее
4) Запускаем от имени рута:
sudo defragfs /дефрагментируемый раздел
Я пропустил команды сборки, так как в Арче эта прога собирается автоматически, в Убунте придется собирать с помощью Make.
Главное это то, что программа действительно работает и показывает процент фрагментации, сколько фрагментов содержатся в файлах и сколько всего файлов дефрагментировано.