Проблема еще в том, что Мокрый Софт наделал к настосщему времени уже кучу "версий" NTFS. Фактически, с каждой версией Винды выходит новый раздел NTFS. А иногда и при выходе "сервис паков". Так было в NT4 и то ли в 2000, то ли в XP. Так что удивлсться, что не очень хорошо удается работать с NTFS просто не приходится.
Кстати, все современные версии Виндов проверсют версию NTFS подключаемого диска, и если она ниже "текущей поддерживоемой", то накатывают апдейт. В результате, например, винт с NTFS4, на котором стоит NT4 и побывавший в компе с 2000 или XP, после стого невозможно просканировать на ошибки в родной системе - сканер NT4 ничего не знает о NTFS от следующей версии винды. Хорошо еще что читать и писать может. А вот сделает Мокрый Софт "нашлепку на NTFS" - WinFS, так и писать, наверно, не сможет.