Так у тебя java-5 runtime установлена... Параллельно, как ты говоришь, ещё и java-6...
Может, дело в запуске не под той версией?
Насколько помню, из каталога с программой надо "сказать" что-то вроде:
/usr/lib/jvm/java-5-sun/bin/java -cp ./<файл программы>.jar run
Кстати, "run" - не всегда правильная "концовка", можно и без неё попробовать.