Не сталкивался, с мускулом работал под виндой, когда он был еще в 3 версии. Тогда на самом деле были несколько проблем с неочевидным решением, в частности, что-то с конфигом.
1. В логах mysql что пишет ?
2. Надо убедиться, что в системе файл my.cnf один:
$ sudo find / -name my.cnf
Эта команда просканирует весь диск в поисках этого файла и напишет все, что найдет.