NetworkManager и менеджер сети debian, который управляется через /etc/network/interfaces разные вещи. Если настроишь на нём интерфейсы, то NM соответственно их не будет обслуживать. Если хочешь NM то возвращай /etc/network/interfaces к первоначальному виду:
auto lo
iface lo inet loopback