Да дай-то Бог, чтобы make install, работало так же, как setup.exe! Уж с последним проблем никогда не возникало. Да, раскидает файлы куда ему надо. Однако при этом никакого бардака не было замечено всегда корректно удалялось. (А бардаку и неоткуда особо взяться. Там общее у прог api-функции, они как стояли так и стоят. Если по какой-либо причине не подходят (устаревшая ось), меняешь либо ось либо другую прогу ищешь, а меж прогами конфликтам неоткуда взяться просто.)
Но, а уж если make install необязателен, это вообще подарок. Неинсталлированные проги мне вседа были больше по душе.