Возможно ли создать ярлык программы
Да.
папка с программой в .wine
Да, но чуть сложней.
В /usr/share/applications программы нет
Ярлыки вине-программ обычно находятся в ~/.local/share/applications.
"прицепил" к программе чужой ярлык
Обычно так и делаю. Беру ярлык другой программы в качестве шаблона. Изменяю, что нужно, готово. Можно и создать с нуля, но, по-моему, это сложнее.
пользоваться можно, но не фэншуй
Почисть карму. Что конкретно не так.
поменять чужой ярлык на родной.
Понять бы разницу: свой, чужой. Если родной тот, что от создателей программы, так найди и поменяй.