Mr. Metal Head,что это за макароны в условии?
Сделайте переменную, например,
CURRENT_CAPACITY=(df -P $FILESYSTEM | awk '{ gsub("%",""); capacity = $5 }; END { print capacity }'
(команду скопипастил с вашего скрипта, не проверял).
И вот в условии уже сравнивайте CAPACITY -lt CURRENT_CAPACITY, например, так:
if [ ${CAPACITY} -lt ${CURRENT_CAPACITY} ]
then
do some code
fi
если не получится, тогда сразу после инициализации переменных сделайте вывод каждой через echo:
echo ${CURRENT_CAPACITY}
и смотрите на результат.