Это всем давно известная проблема компиза с java-awt приложениями. Для тех кто не в теме - ококнные аппликухи на джаве.
Если поставить правильный компиз-сеттинг-манагер с правильными плагинами, то там, в плагине "workarounds" можно найти пункт - Java Window Fix. Коий и включить (он вообще по дефолту включен).
Ну а если не поможет (мне помогало), то эффективыне эффекты придется выключить.
PS: а Зенд часом не стал бесплатным и открытым?