Сталкивался с этим при копировании аудиофайлов для плеера. Нашёл в сети такое решение: создаю папку на носителе, открываю. Открываю папку с нужными мне файлами в наутилусе, выделяю первый файл, с нажатым шифтом выделяю последний нужный мне файл, перетаскиваю в созданную папку. Файлы копируются в том порядке, в котором отображаются. Нудно и долго. Но если я открываю Pink Floyd - Wish You Were Here, то песни воспроизводятся так, как они идут на альбоме, по порядку.