Вообще копировать диск, с которого загрузилась система, неправильно, и весь диск копировать тоже не надо.
Надо загрузиться с чего-то другого и уже из системы, загруженной с этого другого, скопировать на новый диск
каталоги, но /proc, /dev, /run, /sys, /tmp не копировать, а только создать. Затем установить загрузчик
на новый диск, либо с этого другого, либо снова загрузиться со сарого и тогда установить, как тут говорили.
Что-то другое - это может быть какой-нибудь Live CD или установочный диск в режиме восстановления, если он
предусмотрен. Например, в Astra Linux он есть. Или же для полного копирования диска с разделами воспользоваться
clonzilla, она создаст образ старого диска в виде каталога, а потом распакует его на новый.