1. А какая версия Firefox / Ubuntu? У меня на 8.10 иногда возникали такие проблемы.
2. Если открыто несколько окон, то такое может быть. Например: "Основное окно" с неск. вкладками и Загрузки.
Закрываем "Основное окно" - вкладки говорят "Привет". Загрузки остались, FF не закрыт.
Когда закрываем "Основное окно" он спрашивает: "Вы собираетесь закрыть несколько вкладок" - Отмена Да
Очень похоже на обычный диалог закрытия, где он по умолчанию предлагает Сохранить вкладки
Я несколько раз накалывался.
3. На диске мало места - у меня FF при запуске завис, ничего не открыв. Я освободил место, забекапил директорию .mozilla (не понадобилось в итоге), в терминале сделал killall firefox, заново запустил его - всё восстановилось.
Короче, надо смотреть, в чём дело. Он должен сохранять вкладки сам, если это задать.