Да права принадлежат пользователю root
Не должно так быть принормальной нстройке апача. У вас еще и апач не правильно запускается под рутом, а не должен.
Под рутом на ftp заходить - нужно специально разрешать (как и на ssh) - это по умолчанию запрещено (в целях безопасности).
как разрешить? тоесть можно же разрешить (сделал что нужно, и запретил, понимаю что возня, но в этом с моей точки зрения есть кое какая необходимость, пока я не освою более систему, и вообще структуру сервера) Если Вам не сложно подскажите как разрещать, и запрещать заход под рутом по фтп)
Так как разрешить - объяснить не трудно (хотя это расписано в интернете в тысяче мест но если вы не дружны с гуглом/яндексом то могу найти вам и копипастнуть)
НО! ГЛАВНОЕ! Вы опять ломаете безопасность системы и пытаетесь использовать костыльное решение.
Еще раз повторю:
Я предлагаю ТС вообще пересмотреть своё мировоззрение на файловую систему сервера.
И добавлю - не нужно костыльных решений попытайтесь сразу освоить правильные решения.
Итак - вам нужно погуглить про установку и настройку апача и добиться того что бы он не запускался под рутом. Апач должен запускаться под своим, НЕПРИВИЛЕГИРОВАННЫМ пользователем (т.е. он ни в коем случае не должен входит в группы root, adm, admin, sudo).
Далее вам стоит получше изучить консоль и попробовать решить все свои задачи через SSH. Если хочется какие-то файлы править на локальной машине - то scp вам в помошь (по scp кстати могут на удаленный хост ходить несколько файловых менеджеров - какие не скажу просто не задавался этим вопросом (гугл - знает).