Расширение действительно установлено нормально?
Откройте Help\Software update\Manage configuration\
Нормальные ли иконки возле Pydev *?
Если все ок, то надо посмотреть, какой редактор ассоциирован с файлами *.py
Window\Preferences\General\Editors\File associations
там найти *.py и убедиться что установлен Python editor по умолчанию.
Если нет, то добавить самому.