Извращенец,
Просто не понятна цель в запароливании папок на FTP.
Завести всех юзеров в одной директории - определить видимость конкретных папок для каждого конкретного юзера, завести привилегерованных в группах юзеров, разграничить права, до конкретной директивы - все это можно сделать средствами FTP.
Есть ftp где 40 пользователей разбиты на 8 групп, в каждой группе свой админ, простые юзеры видят только свою папку - могут залить/слить, создать папку. Админ группы может уже удалить переименовать файл и видит файлы свои и своей группы. Админ ftp видит всё может всё.