В общем, не знаю, что конкретно помогло, но наконец-то ноут стал выключаться нормально.
Конфиг grub:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash"
GRUB_CMDLINE_LINUX="acpi=force"
+ выставил настройки BIOS в дефолтные. При этом Secure boot = True.
Ноут MSI GP70 2PE (MS-175A), Ubuntu 20.04.1 (64).
Ubuntu стоит на SSD вместе с win10, но /home, /tmp, /var, swap смонтированы на HDD.
С такой же проблемой сталкивался ранее на винде 10, но после обновления проблема разрешилась.