savelmtr, ну что сказать, - не осилили вы. То ли систему, то ли форум, ибо да, некоторые из проблем присутствуют, но для них есть или решение, или обходной манёвр.
Итак:
1) Сижу на Ubuntu c 10.10, а основной системой с 12.04. Вот никогда такого не было. Вот НИКОГДА. И быть подобного не может без вашего участия. Так что, повторяя вслед за классиком, "Не верю" (с). И я знаю, о чём говорю, ибо экспериментами не раз заваливал систему до необходимости полной переустановки. Если не экспериментировать с левыми репозиториями, не чистить систему "программами-чистилками", а заодно не наваливать в систему несколько DE, то Ubuntu работает хорошо и гладко. За редким исключением, о чём ниже.
2а)
"У вас отложены held битые пакеты"
Обычно решается просто:
sudo apt install -f
Иногда, бывает, нужно что-то ещё подчистить. Информации на форуме полно. А бывает просто глюк, когда один пакет пришёл раньше другого, от которого зависит. Через два-три дня приходит новое обновление и всё встаёт на свои места. А вообще, чаще всего, подобная ошибка возникает, если ставить в систему что попало.
2б) С "Центром приложений" вышеозначенная ошибка не связана: "Центр приложений", как и "Менеджер приложений", Synaptic и "Менеджер обновлений" - всего лишь интерфейсы. Хотя... Нет "Магазина приложений". Есть или "Центр приложений Ubuntu", или "Менеджер приложений" от GNOME, который с 16.04 стал базовым и для Unity. Поэтому, если вы пользовались именно "Центром приложений", то он толком в 16.04 не работал, как, собственно, и было задумано.
2в) Справедливости ради и с "Менеджером приложений" в последнее время творится что-то непонятное. Но это началось недавно. Такое чувство, что с выходом 18.04 на поддержку 16.04 просто забили.
2г) А вот не надо было отключать обновления. По ним как раз и приходят все исправления. Не хотите "автомат", сделайте "полуавтомат" - что бы только информировало, а устанавливайте потом вручную, и не с помощью, как вы выразились, "Магазина", с помощью "Менеджера обновлений" или парой команд в Терминале:
sudo apt update
sudo apt upgrade
Вы в Теме давно, должны бы знать. Ведь легко, правда?
А если не работает - смотрим пункт 2а).
И да, чем дольше не делаете обновлений, тем труднее их накатывать.
3а) Про настройку "мыши и тачпада" ничего не скажу - ноутом пользуюсь очень редко. Для меня не актуально.
3б) Да, deb по-умолчанию устанавливается через "Менеджер приложений". И, хотя, данная прога иногда подглючивает и не отображает процесс установки, сама установка таки происходит. Хуже было в Kubuntu 16.04, когда, как вы говорите, "Магазин" вообще не брался за deb и сыпал ошибками в Консоли (аналог Терминала). Как раз и выручал установленный в Kubuntu "Менеджер приложений" от GNOME.
Но даже если совсем глючит, то всегда можно установить через Терминал с помощью dpkg - одной командой.
3в) Ещё раз, ни на одну программу по работе с пакетами файлов ничего не завязано. Эти программы сами завязаны на систему и являются всего лишь специфическими оболочками с тем или иным функционалом и стабильностью работы.
"Менеджер приложений" - это всего лишь ништячок для новичков. Жаль, что вы не освоили систему в должной мере, что бы понять, что есть ещё как минимум три более надёжных способа установить любую программу.
3г) Ни один из, по вашей версии, "Магазинов" - ни "Центр приложений", ни "Менеджер приложений" - не упраляют установкой через репозитории. Ими можно управлять через "Менеджер обновлений" или "Synaptic", но лучше почитать мануал и напрямую прописывать репозитории в Терминале - гораздо надёжнее. Тем более, не все репозитории автоматом подхватывают ключ (но это вопрос к тому, кто создавал репозиторий), так что всё равно придётся разбираться.
Понимаю, что вам нравится Unity, но вам шашечки или ехать? Если установите 14.04, то поедете задним ходом - система поддерживается только по безопасности, новые версии многих программ будут для неё недоступны, а те что есть, упрутся в неразрешимые зависимости уже безвозвратно (привет "отложенным пакетам").
Проведите у себя в голове работу над ошибками, выберите новое рабочее окружение и ставьте 18.04.