У меня тоже довольно давно с переключателем раскладки всё благополучно. При этом, i-bus, по правде сказать, никогда не трогал, что было по умолчанию, то и стоит.
Но хочу плюсануть пункт 3 из сообщения sergey113. Наблюдаю то же самое. Только мне кажется, что это проблема наутилуса, а не переключателя раскладки. По крайней мере, я подобное встречал только в наутилусе, в других файловых менеджерах я такого не видел. И да, по-моему, в 14.10 этого уже нет (у меня 14.04). Но с последним утверждением могу ошибаться, поскольку 14.10 запускал только в live-режиме.