Helek, потому что во-первых, однозначно пострадает качество отрисовки.
Во-вторых, в некоторых приложениях могут появиться не очень приятные баги, связанные с нехваткой места в рабочей области или невозможностью добраться до средств управления без дополнительных телодвижений.
В-третьих, игры -- это вообще отдельная тема: в некоторые игры становится практически нереально играть при низких разрешениях по вертикали, другие всё равно лучше запускать в фуллскрине, используя индивидуальное разрешение.
И да, 800х600 будет, мягко говоря, неудобно, если вы хотите пользоваться современными приложениями из gnome и kde.