При условии, что dns настроены правильно и конфиги апача девственно дефолтны, то достаточно создать два файлика:
<VirtualHost *:80>
ServerName aiti-service.ru
ServerAlias www.aiti-service.ru
DocumentRoot /var/www/aiti-service.ru
ErrorLog /var/log/apache2/aiti-service.ru/error.log
CustomLog /var/log/apache2/aiti-service.ru/access.log combined
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
ServerName bugmeduch.ru
ServerAlias www.bugmeduch.ru
DocumentRoot /var/www/bugmeduch.ru
ErrorLog /var/log/apache2/bugmeduch.ru/error.log
CustomLog /var/log/apache2/bugmeduch.ru/access.log combined
</VirtualHost>
и выполнить следующие команды:
sudo mkdir -p /var/log/apache2/bugmeduch.ru
sudo mkdir -p /var/log/apache2/aiti-service.ru
sudo a2ensite bugmeduch.ru
sudo a2ensite aiti-service.ru
sudo invoke-rc.d apache2 restart
Еще не помешает подправить файлик /etc/logrotate.d, добавив новую маску для ротации логов в первой строке:
/var/log/apache2/*.log /var/log/apache2/*/*.log {