Нашел простейшее и самое быстрое решение для синхронизации видео аудио и прочих файлов с айпадом. Может кому-то пригодится:
Ставите на iPad с AppStore бесплатную программу FileApp. Эта программа предлагает синхронизировать через встроенный ftp сервер или через USB при помощи программы DiskAid, которой нет под Линукс. Тем не менее, вообще ничего этого не надо делать, даже программу эту не запускайте. Все гораздо проще - просто тупо втыкаете ваш iPad через USB в ваш комп с Ubuntu, система определит съемный диск "Документы на iPad ...", заходите туда, жмете на значок FileApp, далее папка Documents - и вуаля, заливайте туда что хотите, организуйте папки и т.д. Затем на ipPad в програмее FileApp может запускать и смотреть ваши фильмы.