Закрывать не обязательно, достаточно, что бы ни какой сторонний софт в это время не пытался обновлять индексы пакетов, или устанавливать или удалять что то. По умолчанию обновления безопасности в системе устанавливаются автоматически, поэтому подобная проблема может возникнуть в ситуации когда казалось бы, вы не причём и ни какой сторонний софт по работе с пакета вы не запускали. В этом случае, надо всего лишь немного подождать.