Не знаю достаточно ли этого? и то ли это?
Если есть сторонние репы (Medibuntu, скажем, с кодеками; реп для Wine...; и т. д., и т. п.) то должны быть ключи и для них (иначе будет ругаться на ненадежность, но ставить пакеты из оных будет).
Синаптик не ругается, базы пакеты обновляет.
Он всегда обнавляет, но может выдать диалог, что, дескать,
данный пакет(-ы) устанавливается из ненадежного источника (в окне со списком принимаемых изменений будет отдельный пункт c такими пакетами).... А при нажатии в Синаптике (или в диалоге выскакивающим в "Источнике приложений" после изменений вносимых в него) кнопки "Обновить", выдаст, по завершению, диалог, что, дескать,
"Не могу найти публичный ключ (длинная строка цифр)" для (адрес репа)"...
Как их отключить?
Снять (коли есть описанное выше) против ни галочку в "Параметры-->Репозитории-->Стороннее програмное обеспечение (куда репы, новые, добавляешь, если через GUI это делаешь...), либо, аналогично, но непосредственно в "Источниках приложений" (диалоговое окошко, в обоих случаях, одно).
Если ругаться перестанет, и "Центр" заработает, то "подпиши" сторонние, ранее отключенные, репы (как это делается всегда есть на большинстве официальных Веб страниц соответствующих репов: правда, как правило, на инглише...(электроперводчик, если что, юзать надо))