Tear, права очень даже причем.
Яндекс-диск напрочь режет все права на исполнение при синхронизации с Linux на Linux. Казалось бы - какого .....
Ну и как там держать проект над которым ты работаешь, если в нем n-ное количество файлов должны быть исполняемыми???
Причем сохранить posix-права и востановить их на posix-совместимой системе - не трудно. Другое дело Windows - там все чуточку сложнее. Но в яндыксе решили проще - любой файл при создании/обновлении получает права от папки где он хранится. Но в posix право на исполнение на каталоге имеет специфичное значение и его нельзя переносить на файл. Вот и получается - права на исполнение режется.
Причем и МЕГА, и inSync(гуглодрайв), и SyncThing права корректно переносят между двумя Linux-системами.
Нужно просто учитывать какая ФС под клиентом синхронизации. И вот SyncThing решил этот вопрос одной галочкой - игнорировать права на файлы - советуют включать на FAT и другой экзотике...
Т.е. решение у этой задачи есть.
Но вместо решения бросайкоробка решила запилить нелепое ограничение. Оно - да орененная забота о клиенте...