У меня тоже самое было.
Установил 11.10, unity снёс сразу - раздражает, установил gnome 3 (сыровата но лучше unity, да и идея нравится - удобнее), одно время работало хорошо (связка thunderbird + firetray), потом вдруг обнаруживаю: в режиме overview два окна с thunderbird, причём можно переходить между окнами, и каждым можно управлять по отдельности, за исключением открытия его и закрытия, это происходит одновременно, и при старте выскакивало постоянно сообщение "Содержимое папок обрабатывается". Долго искал решение этой проблемы, т.е. как убить второе окно и оставить только одно и убрать сообщение.
Случайно наткнулся на неожиданное
решение:
Если при запуске Thunderbird открывается сразу два окна и постоянно появляется сообщение — Содержимое папок обрабатывается, подождите, тогда:
В дополнениях отключил MinimizeToTrey.
Перезапустил Thunderbird.
Закрыл одно из окон.
Заново запустил дополнение MinimizeToTrey.
Перезапустил Thunderbird.
Проблема исчезла.
Я сделал тоже самое только с firetray и помогло...