Я уже где-то описывал похожую проблему, может даже на этом форуме. Тоже не мог понять в чем причина, канал широкий и свободный, но при закачке скорость может упасть до нуля, а если контрл+с и продолжить, то скорость восстанавливается и так пока не докачаешь. Решил способом ограничения скорости примерно до 80-90% от максимальной. Т.е. если скорость 500 кбайт/с , то для wget вместе с -c ставлю опцию --limit-rate=450k
Причем такой эффект был замечен и на DSL 128кбит/с и на широком синхронном канале 6мбит/с . С чем связано непонятно, но железно работает. А вот при обновлении с пом. apt-get использовал программу ограничения трафика trickle ( apt-get install trickle ) , тоже помогало. Да, не знаю как сейчас, но с mirror.yandex.ru качается быстро, но докачки не было (проверял примерно полгода назад).