Можно попробовать так, но для начала протестируйте на какой то самодельной директории из поддиректориями, если всё удовлетворяет - смело удаляйте (скорее всего вам надо будет подставить / вместо <top_dir_name>)
find <top_dir_name> -name <filename> | xargs rm
Ну или да, чисто через find, как подсказал заслуженный пользователь:
find <top_dir_name> -name <filename> -exec rm {} +
Маны конечно смотрите, но по себе знаю, как для начала это сложно. Да и сюда мы приходим за ответами, а не только чтобы в ман тыкнули