Лично я пихаю все переменные среды окружения в .bashrc и все работает
Netbeans реально вычищает всё окружение. Нафиг она это делает я хз.
Для того чтобы ОС находила библиотеку без танцев с бубуном рекомендую
1) засунуть путь к библиотеке в файл
# Path to OpenCL library from ATI
/usr/lib/OpenCL/vendors/
2) выполнить sudo ldconfig
3) перелогиниться
Если бибилиотека лежит в указаном месте, и все её зависимотсти разрешены тогда проблем с этой библиотекой больше не будет.
Что-то где-то так
gcc -I<где-то должны быть заголовочники от библиотеки> example.c -L/usr/lib/OpenCL/vendors -lOpenCL
И брось ты все эти интегрированные среды разработки. С ними только проблем больше огребаешь. Возми консоль и ручками все команды вбивай, ручками вызывай компилятор. Все сразу получится. Будешь лучше понимать процессы происходящие. После этого уже не будет проблем заставить разные IDE делать то что нужно тебе.
P.S. я в глаза не видел ни ATI'шных видюх, ни эту библиотеку, ни дистрибутива этой библиотеки. Описываю своё представление как оно должно быть.