На сколько я помню именно runlevel 3 раньше грузил X-s, а 2-й давал голую консоль. Сейчас Ubuntu грузится в 2 и при этом грузятся Х-ы. 3-ка от 2-ки не отличается. Нужно ручками подправить правила запуска lightdm (раньше был gdm) в /etc/init/lightdm.conf, что бы он не пускался во 2-м или в 3-м runlevel. А сам runlevel нужно задать в параметре GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT в /etc/default/grub (просто приписать туда 2 или 3), и перестроить конфиг груба - sudo update-grub