apt-get purge unity*
apt-get autoremove
apt-get update
apt-get upgrade
А Вы так пробовали?
Что-то уж больно много пишется, что такой-то пакет не может быть удален, а перед этим просто немеряно "Заметьте, что выбирается пакет ... для регулярного выражения unity*", а также "пакеты, которые будут УДАЛЕНЫ:
brasero* brasero-cdrkit* deja-dup* empathy* gir1.2-unity-4.0* gnome-session*
libbrasero-media3-1* libruby1.8* libunity-2d-private0* libunity-core-4.0-4*
libunity-misc4* libunity6* nautilus* nautilus-sendto* nautilus-share* ruby*
ruby1.8* telepathy-indicator* ubuntu-desktop* unity* unity-2d*
unity-2d-launcher* unity-2d-panel* unity-2d-places* unity-2d-spread*
unity-asset-pool* unity-common* unity-greeter* unity-lens-applications*
unity-lens-files* unity-lens-music* unity-scope-musicstores* unity-services*
usb-creator-gtk*
Ну ладно, что-то можно будет поставить вновь, но вот не порушится ли уже установленный gnome-shell?